的前委扩大会议上，陈毅如实地汇报了此次湘南之行部队失控的情况，并诚心诚意地作了自我批评。他说：我作为军委书记，对错误倾向制止不力，造成了这次失败，理当承担责任。
红军主力返回井冈山后，陈毅协助毛泽东、朱德积极做好部队思想政治工作，一个月内，红四军三战三捷，收复大部分失地，使井冈山根据地从“八月失败”中崛起、发展、壮大起来。
1929年1月，陈毅随朱德、毛泽东率领红四军主力离开了井冈山，转战赣南、闽西，开展游击战争，发展土地革命，建立革命根据地。
就在这一年，陈毅犯了一个被称之为“陈毅主义”的错误。
那是在1929年6月召开的红四军党的“七大”上，陈毅是大会的主持人。
由于红军处于战争环境，又长期战斗在农村，党员中农民和小资产阶级出身的人占了大多数，因而受到各种非无产阶级思想的影响，如单纯军事观点、流寇思想、军阀主义残余、极端民主主义、绝对平均主义等，同时也造成红四军党内出现一些重大原则分歧。陈毅由于缺乏斗争经验，加上思想认识水平有限，从维护党内团结的主观愿望出发，采取了折中调和的态度。在这次红四军党的“七大”上，他在肯定毛泽东对革命形势估计、建军方针和克服党内一些错误思想方面正确看法的同时，也对朱德和毛泽东也提出了尖锐批评。
批评朱德有“旧军官”思想；批评毛泽东搞“家长制”的领导方式。
没有支持正确主张，实际上等于压抑了正确主张，带来的不良后果是显然的。陈毅没想到，他的折中调和办法，更加助长了当时党内已经严重存在的非无产阶级思想。在前委改选时，毛泽东的前委书记被选掉，陈毅被选为前委书记。
毛泽东对会议结果极为不满，会后便离开红四军，到闽西蛟洋养病去了。
陈毅自知难当此重任，并且很快认识到，自己在这个位置没有毛泽东干得好。于是，他心悦诚服地作自我批评，请毛泽东回来主持前委工作。
7月下旬，接到中央要红四军派领导干部去上海参加军事会的来信后，陈毅决定亲自前往上海汇报红四军情况。他由香港转道到达上海，向中央军事部长周恩来详细汇报了红四军的情况，尤其是实事求是地汇报了毛泽东的许多正确主张。随后，又根据周恩来的多次指示精神，代中央起草了着名的“九月来信”。信中充分肯定了毛泽东路线的正确，批评了红四军“七大”的错误，要求朱毛团结起来，指示毛泽东仍回前委工作，红四军全体指战员要维护朱毛的领导。
10月初，当陈毅风尘仆仆从上海赶回红四军时，听说红四军“八大”上有许多支部提议请毛泽东回来主持前委工作，并写了一封信，却遭到毛泽东的拒绝。
一问原因，方知毛泽东在回信中说，他反对敷衍调和的“陈毅主义”，不打倒“陈毅主义”，他不回来。
陈毅闻之汗颜，他没想到“七大”对毛泽东的伤害会如此严重。于是，他坦然诚恳地说：“我这次回来就是要使毛泽东复职，使红四军团结起来。这次由我向毛泽东检讨，他会回来的。”他还说：“‘陈毅主义’是非无产阶级的东西，我也要和同志们一起打倒这个‘陈毅主义’。”
由于陈毅带回了中央的指示，加上陈毅的诚恳检讨，毛泽东接到陈毅的信后，马上就从蛟洋回到了红四军军部，在汀州与朱德、陈毅相见时，互相作了检讨。
经过这次冲突，毛泽东和陈毅都进一步加深了彼此的了解，建立起深厚的私人情谊。从此，陈毅成为毛泽东能够与之敞开胸怀的不多的几个之一，也是在毛泽东面前最无拘无束的几个人之一。
1934年红军主力长征后，陈毅任中华苏维埃共和国政府办事处主任，负责领导留下的红军进行了艰苦卓绝的三年游击战争；抗日战争爆发后，他任新四军第一支队司令员；“皖南事变”发生后，他临危受命，出任新四军代军长；解放战争时期，他先后任山东军区司令员、山东野战军司令员、华东野战军司令员兼政委、第三野战军司令员兼政委；新中国建立后，他担任了上海市委书记、华东军区和第三野战军司令员。1954年任国务院副总理、中央人民政府革命军事委员会副主席、国防委员会副主席。
1955年，陈毅被授予中华人民共和国元帅军衔。