照顾是合理的，作为知识分子干部应该理解；而个别不合理的地方，广大青年干部提意见也是可以的。但是，延安的干部来自五湖四海，当时延安的新老干部之间，根据地党组织与来自敌后国统区的地下党组织之间、工农干部同知识分子干部之间、本地干部与外来干部之间存在着一些矛盾。青年知识分子干部一提意见，有些老干部却产生猜疑，认为是冲着共产党来的，是反对党的领导。当时作为毛泽东的秘书的胡乔木给王实味写信，批评他“文章里充满了对领导者的敌意，并挑动一般同志鸣鼓而攻之的情绪，这无论是政治家、艺术家，只要是党员，都是绝对不容许的”。提醒他要注意提意见的立场和方法，不要走偏。
再如《解放日报》文艺栏曾登过一篇作家马加写的小说《间隔》。小说写了一个老干部、游击队长喜欢一个从城市来的女学生。但他那种简单、纯朴、粗鲁的爱使这位女学生害怕，他们中间有很大的间隔。这篇小说引起老干部的不满，编辑部作检查，在整风中一再受批评。
诸如此类都产生了矛盾。
青年知识分子中的极端民主化和自由主义倾向，引起了中央的极大重视，并对这一倾向作了过于严重的估计，认为“小资产阶级的歪风，影响很广，如果不首先加以端正，就不可能把整风运动纳入正路。因此，在一段时间内，整风矛头首先对准了青年知识分子中的这股歪风”。
王实味写作、《政治、艺术家》等杂文，带头反对院长，主张全院大会民主选举，成为了批判的靶子。
1942年6-7月，中央研究院等单位召开揭发批判王实味大会。会上有人揭发王实味讲过“斯大林人性不可爱”、“拉狄克是一个可爱的人”、“中国大革命的失败，共产国际应负责”、“苏联对于季诺维也夫叛国案的审判是可以怀疑的”、“托派理论有些地方是正确的”等当时被认为是大逆不道的话。加上过去王实味又曾与托派分子有过交往，在康生的插手下，没有任何真凭实据，王实味被扣上了三顶大帽子：“反革命托派奸细分子”、“暗藏的国民党探子、特务”、“反党五人集团成员”，被开除党籍，被捕入狱。
这是把思想问题上升为政治问题的典型范例。
最无辜的还是成全、王里夫妇和潘芳、宗铮夫妇。王里、宗铮是复旦大学的校友，在延安有来往，而王里1936年初在南京时认识王实味，王实味与宗铮夫妇是近邻，彼此有些接触而已，他们却因此和王实味一起被打成“五人反党集团”。
王实味事件的发生，进一步影响了党中央关于整风指导思想的变化。
1942年4月，康生向毛泽东汇报，情报显示，蒋介石正乘机而动，准备从军事进攻和内部破坏并举，搞垮中共；而且5月以来，国民党赞扬知识分子的自由主义倾向，并利用党内自由主义乘机开展特务活动。
40年代，国民党一再制造反共事件。中共中央主张：“凡是敌人拥护的，我们要反对。”毛泽东听了汇报后表示：在学习和检查工作中，实行干部鉴定，对干部的思想和组织观念，实行审查工作；在审查工作中，发现反革命分子，加以清除，以巩固组织。
6月19日，毛泽东在一次会议上说：现在的学习运动，已在中央研究院发现了王实味的托派问题，他是有组织地进行托派活动……中直、军委、边区机关干部中，知识分子有一半以上，我们要发现坏蛋，拯救好人。
的确，在整风前和整风期间，陕甘宁边区发现了坏蛋——边区保卫部门破获了一些特务案件。
当时著名的特务案件有“军统局汉中特务侦察训练班”一案。戴笠于1939年底在陕西汉中县陈家营村开办的一个特务训练班，两年左右训练了几百名特务，其中派往陕甘宁边区的有40多名。其主要任务，是打入我要害部门，刺探情报，进行破坏。不久，绝大多数人被我方查了出来，或秘密做了坦白交待。
与此同时，敌占区的日本特务机关也向边区派遣了特务。
负责肃反和安全工作的康生借此大肆宣传，说边区“特务如麻”。
这个不实的情况，影响了毛泽东的认识和判断。1942年11月，毛泽东在西北局高干会议上宣布，整风不仅要弄清无产阶级与非无产阶级思想（半条心），而且要弄清革命与反革命（两条心），要注意反特斗争。于是，延安的中央机关和院校在12月开始审查干部的工作和反特务斗争。各单位发动每个干部写自传，反省思想，反省历史，调查社会关系。
1943年4月3日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》（即有名的《四三决定》）。
在对敌情错误估计的基础上，对整风的目标作了修改。《决定》规定：“整风的主要斗争目标，是纠正干部中的非无产阶级思想（封建阶级思想、资产阶级思想、小资产阶级思想）与肃清党内暗藏的反革命分子。”就是说，整风变为了审干和肃反，从思想洗礼变成组织清洗。
康生既然已抓出了一个王实味，当然想再揪出大批的张实味、李实味