出兵必须由内阁会议批准经费开支，由天皇行使统帅权下达敕命，方可进行。但是，军部的《阵中要务令》中又要求日本陆军上自司令官下至普通士兵都要受一种在非常情况下可以擅自决定和相机行动的修养训练，并教育他们因坐等命令而误失战机者不得再入天皇统率的军队，这等于是在鼓励在外将士在非常情况下可以实行“独断”而自行决定行动。如何处理这两个自相矛盾的规定，陆军内部却没有一个明确的办法。这是日本统帅制度的缺陷。
针对这一情况，作战课拟采取的做法是，驻朝鲜军正准备出兵的混成旅团，必须等内阁会议批准经费开支后，履行下达敕命的手续，方可行动；对已经行动的飞行联队，也有必要立即办理上奏手续，追认驻朝鲜军司令官的决心和措施，否则会搞乱指挥统帅权系统，而且将会招致外界批评。
他们没有料到的是，驻朝鲜军打算走得更远。作战课的指示电报还未拟定，驻朝鲜军司令官的电报又来了：
我军根据奉天附近日中交战之形势和关东军之要求，命一个混成旅团前往奉天附近增援关东军。该旅团自十九日上午十时许，将先后从各卫戍地出发，通过铁路运送，渡过鸭绿江后，接受关东军司令官指挥。飞行队今晨出动，亦受该司令官指挥。
电报显示该电报为上午9时28分拍发，而电报中称，混成旅团将于10时许出发，就是说，当参谋本部收到此电报时，驻朝鲜军的混成旅团也许已经采取了行动。看来，驻朝鲜军的计划，不仅是让飞行联队独断越境，而且打算让混成旅团也擅自越境。
参谋本部决定阻止驻朝鲜军的独断越权行动。于是，中午12点30分，以参谋总长的名义向驻朝鲜军司令官拍发了第一六号电：
朝参报第五号关于增援关东军一事，望暂待奉敕命令下达。
在向驻朝鲜军司令官林铣十郎拍发上述电报的同时，也向驻平壤的第三十九步兵旅团旅团长拍电报：
贵旅团之行动亦应暂缓，如有已出发之部队，望即采取措施，不得越境。
为保险起见，参谋本部还对新义州守备队长也发电指示：
万一未收到上述命令而有渡鸭绿江之部队，要通知此意旨，使其不得通过新义州。但飞行队之所属不在此限。
这就是战争已经打响后陆军参谋本部的第一天。他们其实面临两个挑战，一个来自关东军，另一个来自擅自驰援的驻朝鲜军。除了事变引起的不安和皇军军纪遭受挑战而引发的不快之外，还有一种莫名的兴奋——这种难以名状的心情，使参谋本部的日军将校们“痛并快乐着”。
可是，来自内阁的消息看来不妙——上午10时，内阁会议上做出了“努力不使时局较现状扩大”的方针。
但是，内阁决议并没有太多影响到帝国军人们。参谋次长二宫重治、军务局长小矶国昭、教育总监本部长荒木贞夫三人开会。密筹时局对策。三人在这一思想上达成共识：以此次事件为契机，求得满蒙问题的解决。这一共识遂成为参谋本部的骨干成员们在处理此次事件时的方针。
下午2时，参谋总长先是召集陆军三长官——参谋总长、陆军大臣和教育总监碰头。陆相南次郎传达了内阁会议确立的“努力不使时局较现状扩大”的决议，而教育总监则表达了参谋本部僚属们议定的“以此次事件为契机，求得满蒙问题的解决”的主张。参谋总长看来是要在这两者之间找到一个平衡点。
随后，参谋总长金谷范三召开部长会议。金谷总长力陈应迅速处理事件：“事到如今，已刻不容缓。必须马上处理这一事件，恢复原状。”
基本调子似乎是要贯彻上午阁议上确立的不扩大事态的方针，并对事件进行处理。在参谋本部的僚属们看来，这几乎是等同于皇姑屯事件后的覆辙。代理作战部长今村均马上反驳说：“箭已脱弦，若中途停止，恢复原状，恐怕对军队士气影响甚大，为国军计，事关重大。当此之际，要排除万难，保持国家和国军的威信，为达到伟大目的而努力。”
金谷总长又进一步阐明自己的信念：“若要做大事，作为长官，必须不为青年人所左右，力戒自己动摇。我现在的心境就像四十七义士之一的大石良雄那样。关于此次事件，我要负全部责任。”
在那些少壮派军人们看来，金谷总长的发言中，大石良雄那样敢作敢为的义士形象似乎比他在陈词中所传达的阁议方针更能表达他内心里的真实想法和意图。
今村均心领神会，当即起草了参谋总长致关东军司令官的电报。当他拿着电报稿请金谷总长签发时，总长愉快地签了字，笑着说：“让你们看透了我内心的决定。”
这天下午6时，事变发生后的第一天里参谋本部给关东军的一份最重要的指示电报拍发给了奉天的本庄繁司令官：
一、9月18日夜以后，关东军司令官之决心及处理深合时宜，深信此乃提高帝国军队威信之举。
二、根据事件发生后中国方面之态度等情况，阁议决定事件之处理不宜逾越必要之限度。为此，今