任罗荣桓、副主任萧华、总后勤部部长杨立三、中南军区司令员林彪、海军司令员萧劲光、空军司令员刘亚楼、装甲兵司令员许光达、炮兵副司令员苏进、中央人民政府铁道部部长滕代远、中央军委作战部部长李涛参加的国防会议。10日，再次召开国防会议，到会人员除7日到会的滕代远由军委运输司令员吕正操代替、杨立三由总后勤部副部长张令彬代替外，还增加了中央人民政府卫生部副部长兼军委卫生部部长贺诚、中南军区第三政治委员谭政、中南军区参谋长赵尔陆、第四野战军特种兵司令员万毅、东北军区副司令员贺晋年等。根据两次国防会议的讨论，中央军委于7月13日作出了《关于保卫东北边防的决定》，主要包括以下内容。
（一）部队调动部署：决定以部署在中原地区，作为国防机动部队的第13兵团（辖第38、第39、第40军）和第42军以及炮兵第1、第2、第8师等部，共25。5万余人组成东北边防军。第40军7月10日开始，已由广州车运出发，直接开到辽东的安东（今丹东），24日全部到达；第38、第39两军主力，7月15日，分由河南的信阳、漯河出发，8月1日以前，集结于辽东的辽阳、凤城、安东地区，第38军在湘西桃源地区剿匪的第114师和第39军在广西宜山地区剿匪的第115师，解除剿匪任务，8月4日前到达辽阳集结；第42军解除农业生产任务，7月30日从齐齐哈尔地区出发，8月1日到达吉林的通化、辑安（今集安）集结；炮兵的3个师于7月31日，分别集结于本溪至安东、通化至辑安两线；另调在上海和广州的共4个高射炮团，到安东、水丰、辑安地区集结，调工兵2个团到安东集结等。所有上述部队，8月5日前全部到达指定地区。除第40军已开始车运外，其余部队的车运计划，责成军委作战部、铁道部和总后勤部拟制，经军委批准后实施。此外，从苏联购买已抵达哈尔滨的飞机，编成3个团，原计划置于南京、徐州，改为置于沈阳、安东和吉林的敦化训练。
（二）东北边防军的组织指挥机构：决定以主抓攻台准备的粟裕为东北边防军司令员兼政治委员、萧劲光为副司令员，另以萧华为副政治委员，李聚奎为东北边防军后勤司令员；林彪、罗荣桓、刘亚楼均认为第15兵团司令员邓华，各方面综合素质比第13兵团司令员黄永胜更强，因此决定以第15兵团部与第13兵团部对调，以第15兵团部为基础组成新的第13兵团部，以邓华为司令员、赖传珠为政治委员、解沛然（解方）为参谋长、杜平为政治部主任。由第四野战军特种兵司令员万毅负责指挥边防军特种兵部队；以东北军区副参谋长段苏权为司令员组成东北空军司令部。
（三）后勤工作准备：步机枪弹药按5个基数，炮弹按20个基数准备，各先行运抵集中地区2个基数和5个基数，每团携带炸药2000斤；从第四野战军和东北地区共抽调汽车1000辆，从东北地区动员大车4000辆，担任运输；按31万人员、3万牲口、1000辆汽车、4000辆大车，准备3个月的粮草、汽油，在部队完成集结前，先运1个月的粮草、汽油；由总后勤部赶制朝鲜人民军式服装，每人单衣、棉衣各1套，另准备其他装具；按收容本军和人民军共4万伤员准备医院；准备5000副担架，等等。
（四）兵员补充准备：拟由中南军区减少10万人的复员，准备补充。如再需要，东北尚有地方师参加生产，可以补充。
（五）政治动员工作：在保卫国防安全的口号下进行政治动员，由总政治部拟定动员令，核定后实施。
7月7日，周恩来主持讨论组建东北边防军的第一次国防会议上，即决定，一旦边防军参战，则“改穿志愿军服装，使用志愿军旗帜”。
中央军委确定的东北边防军指挥机构，主要是从作战较为有利考虑的，但粟裕正在患病，中央已批准其休养一个时期，一时不能到职，萧劲光主持海军工作、萧华主持总政日常工作，他们一时也难以离京北去；李聚奎所带轻便后勤机构，对组织边防军所需后勤保障，恐也有困难；而边防军正在集中，集中后的统一指挥和供应是大事，急需解决；且东北军区司令员高岗等感到层次太多，有所不便。
鉴于此，在边防军各部向指定地区开动后，7月22日，周恩来与聂荣臻、刘亚楼研究后，与聂荣臻联名向毛泽东提出建议：“请主席考虑边防军目前是否先归东北军区高岗司令员兼政治委员指挥并统一一切供应，将来粟、萧、萧去后，再成立边防军司令部。中南李聚奎到东北后，即兼任军区后勤部长，所带之后勤机构，即合并到东北后勤部中，因东北军区后勤部太弱，不能胜目前的大任。这样，部队指挥既可免生脱节，供应问题也较易解决。是否可行，请主席批示，以便及早布置。”这一建议得到毛泽东的批准。在此前后，根据中南军区和邓华的建议，7月19日和8月上旬，中央军委又先后任命第40军军长韩先楚为第13兵团副司令员、第15兵团副司令员洪学智为第13兵团第一副司令员，8月下旬，决定第42军编入第13兵团建制