黄昏，敌军先把衣履不周的青年数百人枪杀，大部分被绑赴下关煤炭港，即以机枪惨杀，死尸推入扬子江中。被害人徐静森之父徐嘉禄和其兄徐琦曾为这一集体屠杀作证，证词说：“综观敌人举动，证明当日为敌掳捕数万青年迄无下落之事实，可知暴敌纯系有计划之大屠杀。”
16日，日军在下关中山码头的大屠杀案。这一惨案由被害人梁廷芳出席远东国际军事法庭作证，他于16日上午，被日军押至华侨招待所大空场，一直到下午5时，捕捉人数达5000人以上，日兵指令四人为一列，被带到下关中山码头人行道上，日本一带刀军官命令兵士用麻绳把难民绑起来，每数十步放置机枪一挺，黄昏开始开火，一直屠杀到夜间10点钟。梁廷芳认为总是一死，与另一受害者携手跳江，伏于水中，他虽中弹负伤但侥幸未死。
16日，日军中岛部队又在鼓楼四条巷一带挨户搜捕青年200余人，押至四条巷塘边，5人一捆，全部被枪杀于三个塘内。据目睹这一惨案的谢宝全、吕刘氏、张德才等人出证说，“事隔40多天，我们亲眼见此200余尸体均被水泡大，腐烂不堪。”
17日，日军在下关上元门屠杀我同胞3000亲人的惨案，原南京电厂总工程师兼代厂长陆言曾在证词中证明，日军从各处搜捕的军民和电厂工人许江山等3000余人，被围禁于煤炭港下游之江边，初以机枪扫射，后将未死之人驱入茅屋浇上汽油放火烧死。发电厂员工51人除7人幸免逃生外，44人全部殉难。
17日，日军又在三叉河边进行屠杀。当时，三叉河放生寺及佛教慈幼院均为难民收容所。敌人把难民赶压到三叉河边，用机枪全部屠杀。亲见这一惨案的证人毕正清在证词中说：“目睹河岸死者约四五百名。”
18日，日军在下关草鞋峡的大屠杀案。曾经目睹这一惨案的鲁苏在证词中写道：“倭寇进城后，将退却国军及难民男女老幼计57000余人，围进幕府山下之四五所村，断绝饮食，饿死者甚多。农历十一月十六夜，复用铁丝两人一扎，排成四路，驱至下关草鞋峡，先用机枪扫射后，复用刺刀乱戳，最后浇以煤油，纵火焚烧，骸骨悉数投于江中。”《远东国际军事法庭判决书》中也证实这一惨案。
12月间，日军在上新河一带的大屠杀更目不忍睹。曾目睹这一惨案的湖南木商盛世征、冒开远二人在证词中写道：“日军杀害我国被俘军人及逃难人民，共计28730余人，毙命于上新河地区。”他们作证说：“当时本地居民早已逃避一空，因我等是湖南木商，为财产关系，未有离去。尸体由我湖南木业商掩埋。因各处尸横遍野，人血染地，抛尸露骨，见之不忍，逐将尸体掩埋。”
血洗南京大屠杀的惨案，据目击者说，“日本兵完全像一群放纵的野兽似地污辱、蹂躏这个城市。”日本兽军以烧杀为荣，以奸抢为乐，几万丧失理性的野兽，两人一伙，三人一群，到处乱窜，逢人便杀，见房就烧，见财物就抢，捉住女人，先奸后杀，南京顿时成为血腥的人间地狱。据曾经参加南京大屠杀名叫宫本淳的日本士兵供认：他们在中华门外用刺刀杀了不少奔跑的人，杀到后来，执刀的手都颤抖起来，而长官的命令仍不许停刀，但他也只好违命了。
日军占领南京后的疯狂大屠杀历时长达六个星期之久。在雨花台、中华门一带被日军枪杀的市民、难民数以万计。在健康路、白下路、大光路、石鼓路、中山路、中央路等地的马路和街巷，血肉模糊，尸体纵横，“路上东一个西一个，都是我们同胞的尸体”。仅在中山路、鼓楼、新街口等地区以及难民区内，就有数以万计的居民被屠杀。
1947年审判战犯谷寿夫时，中国军事法庭查证有据的零散屠杀共858案，被屠杀者达15万以上，尸体掩埋工作进行了数月之久，作证人有1200多名。据担任掩埋尸体的世界红十字会南京分会统计，他们掩埋尸体43071具；南京崇善堂掩埋尸体112226具。这两个慈善机关合计掩埋了尸体155297具。
南京《新华日报》记者采访了曾经目睹日寇在江东门大屠杀的老人朱友才后，写了一篇《在尸骸上建立的“中岛桥”》的报道，原文如下：
“1937年12月16日下午，日军中岛部队把关在原国民党陆军监狱里的上万名‘俘虏’（其中半数左右是平民百姓），驱赶到江东门集中，人群塞满了道路，一直延伸到江东河边，足在三、四百米长。傍晚，日酋一声令下，道路两旁的草房全被浇上汽油点燃起来，在火光照明下，轻重机枪一齐开火，交叉扫射、顿时一片哀号，连躲在几里外的朱友才也听到了。屠杀之后、江东门尸堆如山，血流成河。第二天，日本侵略军为了让辎重车过河，竟拿中国人来填河截流，无论死人活人，见到了就扔下河去。在固定桥板打桩时，还能听见未断气人的呻吟。日本侵略军命名为‘中岛桥’，大批坦克、军车、骑车就是从这座‘人桥’上开过江东河的。天暖解冻后，尸体腐烂发臭，红十字会派人前来收尸，把尸体拖到两个大坑里掩埋。据红十字会粗略估计，约有15000